Секретные материалы (сезон 2)

Со смертью главного информатора, "Секретные материалы" оказываются закрытыми, а Малдер обнаруживает, что занимается обязанностями обычного агента ФБР. Он убежден, что за ним следят, а его телефон прослушивается. Вскоре Малдер смывается с опостылевшей работы и отправляется в Пуэрто-Рико, где недавно была закрыта огромная радиоисследовательская лаборатория — обсерватория Аресибо.

На русском транспортном судне, пришвартованном у побережья Нью-Джерси моряк, пытаясь починить гальюн, проваливается в очистную систему. Его наполовину обглоданное тело находят в канализационном коллекторе Ньюарка несколькими днями позже. Агент Малдер, отправленный на расследование этого дела, навещает в Ньарке детектива Нормана, который показывает Фоксу все еще неопознанный труп.

Тихий городок Франклин, штат Пенсильвания, потрясает череда немотивированных кровавых убийств, совершаемых обычными мирными людьми, не замеченными прежде в проблемах с законом. Чтобы расследовать таинственное помешательство, в город прибывает агент Малдер. В ходе своего расследования он обнаруживает, что все убийства совершаются по чьему-то злому умыслу.

В расследовании загадочных смертей в напарники Малдеру достаётся молодой агент ФБР Алекс Крайчек. Жилец звонит в службу спасения, чтобы сообщить о возгорании за своей дверью, но когда пожарные прибывают на место, то никакого пожара не обнаруживают, зато рядом с мёртвым хозяином квартиры находят использованный огнетушитель.

В 1985 году Дуэйн Бэрри был похищен пришельцами из своего дома в городке Пуласки (штат Виргиния). Восьмью годами позже Бэрри стал буйным пациентом клиники для душевнобольных, отказывающимся принимать прописанные ему препараты и настаивающим на том, что пришельцы вернутся за ним. Он нападает на охранника, крадет его пистолет, берет в заложники главного врача психиатра Хакки, а затем сбегает.

В Лос-Анджелесе Гарретт Лорр, бизнесмен средних лет, уединяется в своём доме с незнакомкой, которую встретил на корпоративной вечеринке. Во время их занятий любовью в джакузи, женщина кусает Лорра в шею, чтобы выпить его кровь. К женщине присоединяются двое мужчин, которые помогают ей убить Лорра, многократно протыкая его полыми иглами.

Адам Пирс, ученый Калифорнийского технологического института, получает видеопередачу от «Огнехода», робота, посланного для вулканических исследований в штат Орегон на гору Авалон. «Огнеход» вещает изнутри вулканической пещеры, на дне которой Пирс замечает тело начальника сейсмологической исследовательской группы Фила Эриксона.

Мадлер и Скалли вызваны для того, чтобы расследовать несколько похищений в городке Дельта Грин (Висконсин), где похищенные подростки впоследствии были обнаружены полураздетыми с надписью «Он избран» или «Она избрана» на спине.

Агенты Фокс Малдер (Дэвид Духовны) и Дана Скалли (Джиллиан Андерсон) вызваны в Уорчестер (Массачусетс) в частный дом престарелых под названием «Excelsis Dei», чтобы расследовать дело медсестры, которая утверждает, будто была изнасилована невидимым существом.

Малдера и Скалли вызывают в маленький полицейский участок городка Обри (штат Миссури), где было найдено тело агента ФБР, погибшего в 1942 году. Детектив, БиДжи Морроу, обнаружившая тело ночью посреди распаханного поля, не может толком объяснить почему она стала копать именно в том месте, где позже нашли труп.

Малдер и Скалли в Минеаполисе идут по следу Дональда Эдди Фэстера - фетишиста, раскапывающего могилы недавно умерших молодых женщин в поисках фетишей. Вскоре трупов ему становится мало, и фетишист начинает жестоко убивать молодых женщин, в итоге, выбрав своей очередной жертвой борющуюся с посттравматическим расстройством Скалли.

Скалли и Малдера вызывает шериф Нью-Гемпшира, когда в его городке обнаруживаются доказательства деятельности сатанинского культа. Один подросток уже погиб, и теперь все жители охвачены паранойей.

Малдер и Скалли расследуют смерть солдата, проходившего службу в лагере беженцев с Гаити. Следствие выясняет, что комендант лагеря, полковник Уортон, систематически издевается над задержанными, а те мстят при помощи ритуалов вуду. При этом оказывается, что далеко не все смерти участников событий являются таковыми.

Малдер и Скалли решают приняться за расследование, когда анонимно получают три газетных некролога на трех людей, которые выглядят, как близнецы. Все они работали в клиниках по абортам и не являются братьями. Никто не знал, что во время патрулирования Арктических вод, подводная лодка США обнаружила транспорт пришельца и теперь Инопланетный охотник находится на свободе и совершает убийства.

Мадлер находит молодую женщину — свою сестру Саманту, похищенную пришельцами 22 года назад. Она рассказывает Фоксу, что за ними охотится пришелец и что её жизнь находится в опасности. Малдер и Скалли расследуют появление Инопланетного охотника, который похищает Скалли, чтобы обменять её на сестру Саманту. Поиски Саманты приводят Малдера к подводной лодке, с которой и началось всё дело.

Малдер и Скалли расследуют гибель строителя дороги на объекте и разрушения в центре города, которые, судя по всему, могли быть вызваны сбежавшим слоном. Агенты проводят расследование в зоопарке города и приходят к выводу об инопланетном вмешательстве в его дела.

В Норвежском море команда американского эсминца «Ардент» в панике покидает судно, не обращая внимания на просьбы и угрозы капитана. Восемнадцать часов спустя шлюпку с сильно постаревшими за этот период моряками подбирает канадское рыболовецкое судно.

Малдер и Скалли расследуют загадочные убийства людей, убитых непонятным существом, оставляющим странный шрам на теле жертвы. Расследование приводит агентов в шапито цирка уродов, где загадочные преступления продолжаются.

Малдер и Скалли расследуют загадочную гибель ребёнка под колёсами детского поезда в парке аттракционов, на фотографии которой присутствует некая невидимая сущность. Расследование приводит агентов в дом семьи Холви, где бабушка погибшего ребёнка подозревает наличие дьявола в семье.

Малдер и Скалли расследуют исчезновения людей, после которых на месте преступления оставались следы, похожие на отпечатки испарившихся людей на поверхностях в центре ядерного взрыва. Агенты вычисляют физика, который подвергся бомбардировке атомными частицами, которые превратили его в ходячую чёрную дыру, учёный своей тенью мог испарять людей.

Малдер и Скалли расследуют пропажу эксперта с птицефабрики в городе Дадли, штат Арканзас. Там агенты наблюдают многочисленные случаи болезни Кройцфельда-Якоба. Агенты находят в реке, куда сбрасывают отходы с птицефабрики, трупы десятка людей, что после их детального анализа позволяет судить о том, что в городе процветает каннибализм.

Малдер и Скалли получают на руки кассету с зашифрованными с помощью языка навахо материалами, которые подтверждают знание властей об инопланетянах. Эта кассета становится яблоком раздора между агентами, Крайчеком и Синдикатом. Кассета приводит агентов в резервацию индейцев навахо в штат Нью-Мексико, где старейшина племени помогает агентам расшифровать материалы с кассеты.