Колония

Эпизод начинается "в середине дела": Малдер лежит в больничном отсеке где-то на просторах Арктики. Как только доктора начинают погружать его в ванну с теплой водой, вмешивается Скалли, которая утверждает, что только холод может спасти жизнь её напарнику. Внезапно на кардиомониторе Малдера пропадает сердцебиение...

Двумя неделями ранее в море Бофорта команда корабля замечает в небе светящийся объект, который вскоре падает в море. Тело, которое вытаскивают из воды в месте крушения, как выясняется, принадлежит Инопланетному Охотнику. Двумя днями позже Охотник прибывает в клинику абортов в Скрантон (Пенсильвания) и убивает доктора, втыкая в основание его шеи тонкую иглу, а затем поджигает здание и исчезает. Малдер получает письмо, в котором содержатся некролог погибшего от рук Охотника доктора, а также информация по двум аналогичным смертям других врачей, как две капли похожих на первого. После разговора со священником – противником абортов, который угрожал одному из докторов, Малдер обнаруживает в газете объявление, с помощью которого один человек ищет другого в Сиракузах (штат Нью-Йорк).

Малдер вызывает агента Вейсса и просит его проверить дом одного из докторов, Аарона Бейкера. Там Вейсс застаёт Инопланетного охотника, убивающего доктора Бейкера. Вейсс кидается на убийцу и стреляет в него, но зелёная кровь Охотника отравляет Вейсса, и он падает. Прибывшие Малдер и Скалли встречают Вейсса, который говорит им, что дома никого не было. Когда агенты уходят, обнаруживается, что настоящий Вейсс мёртв, а Инопланетный охотник принял его внешность.

Уолтер Скиннер после сообщения о смерти Вейсса запрещает Малдеру и Скалли продолжать расследование дела. Агенты находят контакт другого доктора, похожего на Аарона Бейкера – Джеймса Дикенса. Они встречаются с агентом ЦРУ Амброзом Чепелом, который рассказывает им, что все погибшие доктора являются частью русского генетического эксперимента под кодовым названием "Грегор". Доктора, являвшиеся по сути клонами, были убиты по соглашению между правительством США и России. Малдер, Скалли и Чепел отправляются в дом Дикенса, но когда доктор видит агента ЦРУ, то выпрыгивает из окна и убегает. Троица преследует беглеца и Чепел, который на самом деле является Инопланетным охотником, убивает Дикенса в переулке. Скалли прибегает слишком поздно и не видит убийства, но обращает внимание на странные следы вокруг останков Дикенса – лужицы едкой зелёной жижи.

Скалли расспрашивает Малдера о Чепеле, но Малдер, несмотря ни на что, верит агенту ЦРУ. Дана проводит вскрытие тела агента Вейсса и обнаруживает, что его кровь свернулась, а количество красных кровяных телец невероятно высоко. Малдер тем временем срочно едет домой после звонка отца. По адресу, который Скалли обнаруживает в сумке из дома Дикенса, находится лаборатория, в которой Чепел уничтожает всё, что там находится.

Малдер приезжает в дом своего отца, где встречает женщину, утверждающую, будто она – его сестра Саманта. Саманта заявляет, что её вернули в девятилетнем возрасте, без памяти, а о похищении она смогла вспомнить только благодаря регрессивному гипнозу. Она рассказывает Малдеру, что и Инопланетный охотник, и клоны на самом деле являются пришельцами, и пока все клоны не будут мертвы, Охотник не остановится. А потом он придёт за ней. Тем временем Скалли селится в отеле, чтобы скрыться от агента Чепела. Вернувшись в лабораторию, она обнаруживает ещё четырёх клонов врачей, которые утверждают, что они – последние. Она организует их переправку в безопасное место, но Инопланетный охотник выслеживает Скалли. В дверь её номера в отеле стучится Охотник в облике Малдера, Скалли впускает его, и через мгновение ей звонит настоящий Малдер.