Анасази

В пустыне индейской резервации Навахо в штате Нью-Мексико подросток натыкается на товарный вагон, зарытый в землю. Он вытаскивает из товарного вагона труп инопланетянина, отвозит его в резервацию и показывает местным жителям, в том числе старейшине племени Навахо по имени Альберт Хостин.

Вскоре после этого Кеннет Суна, компьютерный хакер, известный как "Мыслитель", взламывает базу данных Министерства обороны США и копирует на цифровую пленку секретные файлы, связанные с внеземной жизнью. Когда Синдикат, тайная группа чиновников правительства США, узнает об этом, Курильщик, который является членом этой организации, заявляет, что он уже решил этот вопрос. "Одинокие стрелки" сообщают Малдеру, что Суна хочет встретиться с ним. Когда Малдер выходит из своей квартиры, он обнаруживает, что одна из его соседок застрелила мужа, с которым прожила тридцать лет.

Тайно встретившись с Малдером в парке, Суна отдает ему цифровую пленку. Взволнованный Малдер возвращается в штаб-квартиру ФБР и обнаруживает, что файлы на пленке зашифрованы. Скалли узнает шифр, основанный на языке индейцев Навахо, и забирает пленку, чтобы исследовать текст. Когда Скиннер вызывает Малдера в свой кабинет, чтобы расспросить о пленке, Малдер нападает на него. Скалли предстает перед комиссией ФБР, возглавляемой Скиннером, и ее допрашивают о действиях Малдера. Скалли говорят, что Малдеру грозит увольнение из ФБР, и что она понесет такое же наказание, если будет говорить неправду.

Курильщик навещает отца Малдера, Билла, и сообщает ему о том, что кассета, вероятно, у его сына. Отец зовет Малдера приехать к нему. После встречи с переводчиком Навахо Скалли приходит домой к Малдеру, где чуть не погибает от пули, выпущенной в окно. Малдер приезжает к отцу, и Билл готовится открыть ему правду о своем прошлом. Однако его убивает Алекс Крайчек, спрятавшийся в ванной комнате. Малдер связывается со Скалли, и она говорит ему, чтобы он уходил с места преступления. Малдер приходит к ней домой, и Скалли забирает его пистолет, пока он спит.

Скалли приносит пистолет Малдера в ФБР для сопоставления с пулей, убившей Билла. Когда Малдер просыпается, он крайне подозрительным по отношению к Скалли. Скалли обнаруживает, что водопроводная вода в доме Малдера отравлена какими-то наркотическими веществами. Когда Малдер идет домой, он замечает Крайчека, обезоруживает его и собирается убить. Однако Скалли стреляет в него, чтобы помешать ему сделать это, и позволяет Крайчеку сбежать. Скалли привозит Малдера в Нью-Мексико в бессознательном состоянии и, когда он просыпается, объясняет, что его поведение было вызвано наркотиком, добавленным в воду. Скалли говорит, что стреляла в него, чтобы не дать ему убить Крайчека, так как после этого было бы невозможно доказать его невиновность в смерти отца. Затем она представляет его Хостину, который переводит файлы с пленки.

Скалли показывает, что на пленке содержится информация о ней и Дуэйне Барри. Хостин знакомит Малдера с внуком, и тот отвозит его к погребенному товарному вагону. Перед тем, как Малдер спускается в вагон, ему звонит Курильщик, который отслеживает его местоположение. Малдер направляется внутрь товарного вагона, где находит гору трупов похожих на пришельцев существ, у каждого из которых на руках обнаруживается шрам от прививки от оспы. Курильщик прилетает на вертолете с вооруженными военными и, не найдя Малдера внутри вагона, приказывает сжечь его.

Сюжет продолжается в третьем сезоне.